第二集中，尼奥（基努·里维斯 Keanu Reeves 饰）没有能从内部摧毁“母体”，他的身体在真实世界的飞船上陷于昏迷，思想却被困在介于“母体”和真实世界的中间地带，这个地方由“火车人”控制。墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩 Laurence Fishburne 饰）和崔妮蒂（凯瑞-安·莫斯 Carrie-Anne Moss 饰）等人知道了尼奥的情况，在守护天使的带领下， 找到了“火车人”的控制者梅罗纹奇，经过一番激斗，将尼奥救了出来。 此时，电子乌贼部队对锡安发起了猛烈的攻击，人类组织所有机甲战士展开顽强的抵抗，形势危在旦夕；尼奥和崔妮蒂驾驶了一艘飞船克服重重困难，到达机器城市，尼奥终于见到了机器世界的统治者“机器大帝”，双方谈判并达成了协议：尼奥除掉不受“母体”控制的史密斯，以换取锡安的和平。 在“母体”中，尼奥和史密斯展开了关系人类生死存亡的最后决斗。
演员：梅·惠特曼 克里斯汀·肯诺恩斯 雷文-西蒙尼 刘玉玲 亚美莉卡·费雷拉 简·霍洛克斯 杰西·麦卡尼 杰夫·贝内特 罗伯·鲍森 帕梅拉·阿德龙 安杰丽卡·休斯顿 罗琳娜·麦肯尼特 史蒂夫·瓦伦丁 凯茜·纳基麦 理查德·波特诺 盖尔·博尔赫斯 亚美莉卡·杨 凯特·克雷西达 鲍伯·伯根
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演员：丰原功补 染谷将太 松冈茉优 青木崇高 铃木伸之 清水寻也 黑岛结菜 本乡奏多 忍成修吾 成海璃子 石桥莲司 冈田将生 Shuntaro Yanagi 濑户利树 伊原刚志 高月彩良 白石隼也 Konomi Watanabe
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