在太一一行人告别数码世界后，数码世界并没有就此关闭朝向人类的大门，而数码世界的内部却没有太平多少时日，就又开始了纷争。 数码世界急需一批被选中的孩子来维护数码世界和人类世界的和平。太一、阿和、素娜等人都已先后成为了初中生，没有太多精力和时间能够和数码宝贝们一起并肩作战，只有阿武和小光成为了新一代的领头人。被选中的孩子有本宫大辅（木内玲子 配音）、井之上京（夏树莉绪 配音）、火田伊织（夏树惠 配音）等人，和他们一同战斗的除了亚古兽、加布兽等，还有新的数码宝贝参与。于是，在第一代数码人的带领下，新的数码宝贝和守护者们开始了同邪恶势力的作战……
演员：宫野真守 牧岛有希 吉川友佳子 藤田咲 中尾良平 高桥广树 吉野裕行 胜杏里 长嶝高士 后藤沙绪里 井口裕香 矢作纱友里 清水爱 钉宫理惠 田村由香里 椎名碧流 谷山纪章 小西克幸 松来未祐 丰口惠美 门胁舞以 伊丸冈笃 岸尾大辅 斋贺光希 河本邦弘 浅野真澄 飞田展男 斋藤千和 井上喜久子 西田奈津美 羽佐间道夫
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