工藤新一是全国著名的高中生侦探，在一次追查黑衣人犯罪团伙时不幸被团伙成员发现，击晕后喂了神奇的药水，工藤新一变回了小孩！新一找到了经常帮助他的阿笠博士，博士为他度身打造不少间谍武器。为了防止犯罪团伙对他进行报复，新一决定隐姓埋名，暗中追查他们，希望能得到解药。一日，新一 的女友毛利兰来到了阿笠博士的家寻找男友的下落，被小兰撞见的新一情急之下编造了自己名叫江户川柯南，随后柯南寄居在了小兰家。小兰的父亲毛利小五郎是一名私家侦探，新一可以籍着和他一起四出办案一起追查黑夜人的下落。柯南在小学认识步美等小学生，他们一起组织了一个少年侦探团，向罪犯宣战！
演员：草尾毅 绿川光 梁田清之 置鲇龙太郎 盐屋翼 原惠理子 平松晶子 田中秀幸 小野坂昌也 神奈延年 西村知道 森川智之 干本雄之 盐屋浩三 佐藤正治 江川央生 川津泰彦 大塚芳忠 石川英郎
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演员：铃村健一 浅野真澄 三石琴乃 井上和彦 石田彰 野岛健儿 堀江由衣 草尾毅 中原麻衣 小野坂昌也 岛田敏 野岛裕史 永井一郎 冰上恭子 山田美穗 水野龙司 小岛惠美 中岛裕美子 千叶一伸 高口公介 胜杏里 矢部雅史 鸟海浩辅 泰勇气
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演员：田村睦心 饭冢麻结 畠中祐 千本木彩花 石川英郎 大原沙耶香 小市真琴 杉田智和 千叶翔也 三宅麻理惠 大塚明夫 宫本崇弘 樱井孝宏
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