故事发生在一所名叫第3新东京世立NERV学园中，校长是严肃又寡言的碇原度（立木文彦 配音）。作为校长的儿子，碇真嗣（绪方惠美 配音）感到压力很大。于此同时，来自外国的红发转学生明日香（宫村优子 配音），分裂成三个、以姐妹的形式出场的凌波丽（林原惠美 配音）都给碇真嗣的学校生活带来了翻天覆地的变化。此外，在原作中高大帅气的初号机，也将以娇小可爱的形象，作为学院的一份子出现在动画中。 动画以《新世界福音战士》中的角色为原型，一改原作沉重严肃的气氛，描述了轻松愉快的校园生活。制作方首次采用了3D的Q版造型，配以实景背景和2D拼接，造就了多元化的绘画风格。
演员：坂本千夏 松井菜樱子 飞田展男 大塚芳忠 渡边久美子 伊藤美纪 菊池正美 岛田敏 柴本浩行 矢尾一树 堀内贤雄 泽木郁也 梅津秀行 榊原良子 Toriumi·Katsumi 玄田哲章 本多知惠子 铃置洋孝 荒川太郎 铃木清信 大林隆介 藤井佳代子 Kanemaru·Junichi 金丸淳一 冈本麻弥 井上瑶 柏仓敦 原惠理子 盐屋浩三 户谷公次 庄真由美 山本百合子 吉村佣 高宫俊介 广森信吾
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