东京召开首脑会议，地点是东京湾的新设施「Edge of Ocean」。这是一座，会议举办的5月1日当天，将动用2万2千人警方人员的超巨大设施。然而不料某天，竟发生了突如其来的大规模爆炸事件！其中，出现了可以掌控全国公安警察的警察厅秘密组织——通称「ZERO」组织的成员安室透的身影。为何不在会议当天，而选择在会议之前引爆呢？以及安室背地里诡异的行为，让柯南感到事情蹊跷不已。这时，现场证物上留下的指纹，竟然与过去所属警视厅的毛利小五郎的指纹相吻合！其中到底有什么阴谋？围绕逮捕小五郎，柯南和安室展开了交战。安室透这个谜一般的存在，究竟是敌是友？「极秘任务」的倒计时，此时已经无声无息地开始了——
演员：坂本真绫 内田真礼 田村由香里 黑泽朋世 花泽香菜 三森铃子 堀江由衣 浅沼晋太郎 田中敦子 钉宫理惠 居岛一平 田边留依 广濑有纪 寺崎裕香 富田耕生 朴璐美 小林优 白石稔 内藤玲 森功至
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